bu mod_rewrite da otomatik algılama var mı bilmiyorum ama şu 3satırı tekrarlamak gerekicek farklı klasörler için

RewriteCond %{HTTP_HOST} klasör.domain.com $ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !/istediğin klasör/
RewriteRule ^(.*)$ istediğin klasör/$1 [L]


kendi sitemden biliyorum her .html olayı için illaki tekrardan rewrite satırı ekliyorum